高新技术企业办理流程如下：

1、网上申请。在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请;

2、网上申请通过以后，企业要向地方科技局提交相关申请的书面材料;

3、认定机构收到企业申请材料后，组织不少于五名专家进行评审;

4、对申请企业申报材料进行综合审查，确定认定高新技术企业名单;

5、经认定报备的企业名单，经过公示10个工作日。无异议的，予以备案，认定时间以公示时间为准，核发证书编号;

6、由认定机构向企业颁发统一印制的高新技术企业证书。

法律依据：

《高新技术企业认定管理办法》第十二条

高新技术企业认定程序如下：

(一)企业申请

企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。

(二)专家评审

认定机构应在符合评审要求的专家中，随机抽取组成专家组。专家组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。

(三)审查认定

认定机构结合专家组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报领导小组办公室。认定企业由领导小组办公室在“高新技术企业认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，由认定机构向企业颁发统一印制的“高新技术企业证书”。